- PCR (test) - qu'est-ce que la technique PCR ?
- PCR (test) - application de la méthode PCR
- PCR (test) et maladie de Lyme
- PCR - résultats. Peuvent-ils être de faux positifs ?
- PCR - résultats. Peuvent-ils être faux négatifs
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PCR est un test qui a été utilisé dans le diagnostic de nombreuses maladies. La méthode PCR permet de mettre en évidence la présence directe de bactéries dans l'organisme, et plus précisément son ADN. La PCR est utilisée, entre autres, dans dans le diagnostic de la maladie de Lyme. Qu'est-ce que la technique PCR ? Qu'est-ce que la PCR en temps réel ?
Contenu :
- PCR (test) - qu'est-ce que la technique PCR ?
- PCR (test) - application de la méthode PCR
- PCR (test) - Maladie de Lyme
- PCR (test) - résultats. Peuvent-ils être de faux positifs ?
- PCR (test) - résultats. Peuvent-ils être faux négatifs
La PCR(amplification en chaîne par polymérase) est la principale méthode utilisée dans les laboratoires génétiques et moléculaires. Il a été développé en 1983 par Kara Mullis, qui a reçu le prix Nobel en 1993.
PCR (test) - qu'est-ce que la technique PCR ?
Le test PCRconsiste en une amplification multiple (généralement en 30 à 40 cycles) d'un fragment spécifique d'ADN, par exemple des gènes codant pour les protéines de Borrelia, à l'aide de l'enzyme polymérase.
Ensuite, afin de visualiser le fragment d'ADN amplifié, des colorants moléculaires spéciaux sont utilisés. La PCR, grâce à l'amplification de fragments d'ADN spécifiques, est une méthode ultra-sensible.
Dans la méthode PCR, les fragments d'ADN sont amplifiés à l'aide de paires d'amorces spécifiques pour une région donnée de l'ADN bactérien. Par exemple, les régions cibles de la PCR utilisées dans le diagnostic de la maladie de Lyme sont des gènes codant pour des protéines, par ex. ADNr 16S, recA, fla, p66, OspA.
Le matériel biologique à partir duquel le test peut être effectué est :
- sang
- coupe de peau d'un érythème migrant
- liquide céphalo-rachidien
- liquide synovial ou cartilagineux
- urine
PCR (test) - application de la méthode PCR
En plus du diagnostic de la borréliose de Lyme, la méthode PCR peut détecter des fragments d'ADN spécifiques d'autres micro-organismes ou humains. Par conséquent, la méthode PCR est également utilisée dans :
- diagnostic et suivi des infections virales : virus de l'herpès (virus de l'herpès, zona, Epstein-Barr, cytomégalovirus), VIH, virus des hépatites (VHB et VHC)
- diagnostic et surveillance des infections bactériennes, en particulier celles des bactéries,qui ne peut pas être identifié par des cultures, par exemple la tuberculose
- diagnostic et suivi des maladies néoplasiques : leucémie, cancer du sein, cancer colorectal, cancer du poumon
- diagnostic de prédisposition au cancer : cancer du sein et de l'ovaire (gènes BRCA1 et BRCA2), cancer colorectal (gènes APC et CHEK2)
- diagnostic de maladies génétiques : hémochromatose (gène HFE), thalassémie (gènes HBA1 et HBA2), maladie coeliaque (gènes HLA)
- tests de paternité, qui détectent la compatibilité ADN de l'enfant et du père
Actuellement, il existe de nombreuses modifications à la méthode PCR. Par exemple, dans le diagnostic de la maladie de Lyme, les méthodes de PCR nichée (nested PCR) et de PCR en temps réel () sont principalement utilisées. Cette dernière est une méthode quantitative et permet de déterminer le nombre exact de copies d'ADN de Borrelia dans le matériel biologique testé.
PCR (test) et maladie de Lyme
La base du diagnostic de la maladie de Lyme est le test sérologique. Cependant, certaines situations cliniques peuvent rendre ces tests faux négatifs :
- fenêtre sérologique, c'est-à-dire la période initiale d'infection pendant laquelle l'organisme ne produit pas encore d'anticorps IgM et IgG spécifiques contre Borrelia
- chez les personnes immunodéprimées qui ne produisent pas suffisamment d'anticorps
- présence de complexes immuns constitués d'antigènes de Borrelia et d'anticorps spécifiques pour eux et empêchant la détection d'anticorps par des méthodes sérologiques
Si le patient est suspecté de présenter des symptômes de la maladie de Lyme et que les résultats du test sérologique sont négatifs, un test moléculaire basé sur la méthode PCR peut être effectué.
L'ADN des spirochètes Borrelia peut être détecté dans les premiers stades de l'infection, car le nombre de spirochètes dans les fluides corporels est alors le plus élevé.
Dans le diagnostic de la borréliose de Lyme, les méthodes sérologiques telles que ELISA sont principalement utilisées, mais dans certaines situations cliniques, les tests génétiques utilisant la méthode PCR sont utiles.
Plus le temps depuis l'infection est long, plus la probabilité de détecter l'ADN bactérien est faible. Par conséquent, dans certains cas, avant que le test PCR ne soit effectué, les bactéries sont cultivées sur des milieux spéciaux pendant 1 à 2 semaines, puis le test est effectué.
Cette approche est utilisée en cas de suspicion de maladie de Lyme Lyme et de prélèvement de liquide céphalo-rachidien. Dans la phase tardive de l'infection, il est plus approprié d'effectuer un test ELISA.
La méthode PCR ne doit pas être utilisée dans le diagnostic de routine de la maladie de Lyme en raison du manque de standardisationconcernant la présence de variétés de Borrelia burgdorferi en Pologne.
Cependant, en cas de difficultés de diagnostic (en particulier au stade précoce de la maladie), le résultat du test PCR est utile dans le processus de diagnostic.
Un résultat de test positif signifie que la présence d'ADN de Borrelia burgdorferi et de ses variantes a été détectée dans le matériel testé, mais cela n'explique pas si l'organisme est activement infecté. En revanche, un résultat négatif n'exclut pas la présence de bactéries dans l'organisme.
Certains laboratoires proposent de tester la présence d'ADN de Borrelia dans la tique. Cependant, le résultat d'un tel test n'est pas la base du diagnostic de la maladie de Lyme chez une personne mordue.
PCR - résultats. Peuvent-ils être de faux positifs ?
La PCR est une méthode ultra-sensible et en même temps très sensible à la contamination. Par conséquent, il est très important dans les tests basés sur la PCR de sélectionner un contrôle interne approprié pour exclure les résultats faussement positifs.
La collecte correcte du matériel pour les tests ainsi que l'expérience et la fiabilité du diagnosticien effectuant le test sont également d'une importance capitale.
PCR - résultats. Peuvent-ils être faux négatifs
Comme dans tout test de laboratoire, également dans la méthode PCR, des résultats faussement négatifs peuvent apparaître. Ici, il est crucial de prélever du sang pour un anticoagulant approprié, car certains d'entre eux, comme l'héparine, peuvent inhiber la réaction PCR.
La collecte de matériel après le début de l'antibiothérapie peut diminuer l'efficacité de la réaction PCR et augmenter la probabilité de résultats faussement négatifs.
Il convient également de rappeler que les bactéries Borrelia vivent très peu de temps dans le sang et les fluides corporels, car grâce à des récepteurs spéciaux, elles pénètrent très rapidement dans les endroits "difficiles à atteindre" du corps.
Par conséquent, contrairement au diagnostic d'autres micro-organismes, le nombre de spirochètes Borrelia dans le matériel biologique est faible, parfois même à la limite de détection de la méthode PCR. Cela peut également provoquer un faux négatif.
Références
- Dunaj J. et al., L'importance de la méthode PCR dans le diagnostic de la borréliose de Lyme. Parcourir Épidémiol. 2013, 67, 119 - 123.
- Diagnostic en laboratoire des maladies transmises par les tiques Recommandations du groupe de travail : Chambre nationale des diagnostiqueurs de laboratoire, Institut national de santé publique-Institut national d'hygiène, Consultant national dans le domaine des maladies infectieuses, Département des maladies infectieuses et des neuroinfections , Université médicale de Białystok, Société polonaise de virologie, Varsovie 2014.
- Ružić-Sabljić E. et Cerar T. Progrès dans le diagnostic moléculaire de la maladie de Lyme. Expert Rev Mol Diagn. 202217 janv. (1) : 19-30.
- Valones M.A.A. et al.. Principes et applications de la réaction en chaîne par polymérase dans les domaines du diagnostic médical : une revue. Braz J Microbiol. 2009 janvier-mars ; 40 (1): 1-11.
Karolina Karabin, MD, PhD, biologiste moléculaire, diagnosticienne de laboratoire, Cambridge Diagnostics PolskaBiologiste de profession, spécialisé en microbiologie et diagnosticien de laboratoire avec plus de 10 ans d'expérience en laboratoire. Diplômé du Collège de médecine moléculaire et membre de la Société polonaise de génétique humaine, responsable des bourses de recherche au Laboratoire de diagnostic moléculaire du Département d'hématologie, d'oncologie et des maladies internes de l'Université de médecine de Varsovie. Elle a défendu le titre de docteur en sciences médicales dans le domaine de la biologie médicale à la 1ère Faculté de médecine de l'Université de médecine de Varsovie. Auteur de nombreux ouvrages scientifiques et de vulgarisation scientifique dans le domaine du diagnostic de laboratoire, de la biologie moléculaire et de la nutrition. Au quotidien, en tant que spécialiste dans le domaine du diagnostic de laboratoire, il dirige le département de contenu de Cambridge Diagnostics Polska et coopère avec une équipe de nutritionnistes à la CD Dietary Clinic. Il partage ses connaissances pratiques sur le diagnostic et la thérapie diététique des maladies avec des spécialistes lors de conférences, de sessions de formation, de magazines et de sites Web. Elle s'intéresse particulièrement à l'influence du mode de vie moderne sur les processus moléculaires du corps.